遥远的未来。人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”,并讴歌著文明。在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”,通称“鸟笼”。孩子们就住在那里。对外面的世界一无所知。对自由的天空一无所知。他们被告知的使命,只有战斗而已。敌人是一切都被谜团覆蓋的巨大生命体“叫龙”。为了对抗尚未见过的敌人,孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。他们坚信,乘坐其中,就是对自己存在的证明。 有一位曾被称作神童的少年。代号016。名字是广。但他现在却跌落谷底。是不被人需要的存在。如果没有乘上FRANXX,就如同不存在一样。在这样的广面前,某天,一位被称作02的神秘少女出现了。她的额头,长著两根艳丽的角。